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バーチャルスクリーニング

FAQ

過去数十年間、大規模な化学ライブラリを生物学的ターゲットに対してスクリーニングするハイスループットスクリーニング（HTS）は、早期段階の創薬において新しいリード化合物を特定するために重要な役割を果たしてきました。しかし、HTSには高価な設備と施設が必要であり、その成功は化合物ライブラリの規模に依存します。HTSに関連する高コストと低ヒット率は、インシリコバーチャルスクリーニング（VS）の開発を促進しました。バーチャルスクリーニングは、小分子ライブラリを検索して、薬物ターゲットに結合する可能性の高い構造を特定するための計算技術です。今日では、実験的なHTSに比べて、ターゲット関連性、価格競争力があり、効率性という独自の利点により、早期段階の創薬において重要なステップとなっています。

MedChemExpress（MCE）は、研究者が最も有望な候補を特定できる高品質のバーチャルスクリーニングサービスを提供します。量子および分子物理学の法則に基づいた当社のバーチャルスクリーニングサービスは、高精度な結果を達成することができます。最適化されたバーチャルスクリーニングプロトコルにより、実験的にスクリーニングされる化学ライブラリの規模を縮小し、より迅速かつ低コストで革新的なヒットを見つける可能性を高め、リード最適化プロセスにおける失敗のリスクを軽減することができます。

MCEバーチャルスクリーニングの使用を引用した論文（一部）

Types

バーチャルスクリーニングの方法は主に二つのタイプに分けられます：構造ベースのバーチャルスクリーニング（SBVS）とリガンドベースのバーチャルスクリーニング（LBVS）です。

•   SBVS

SBVS戦略の一般的なスキームは、まず関心のある医薬品タンパク質の3Dターゲット構造情報を処理することから始まります（これは実験的に決定されるか、ホモロジーモデリングを通じて計算的に決定されます）。次に、小分子を標的の結合部位にドッキングします。これらのドッキングされた化合物は、予測される結合親和性や結合部位への適合性などの基準に基づいてランク付けされます。通常、上位にランク付けされた数少ない化合物のみが、さらに実験的なアッセイの候補として選ばれます。当社の迅速かつ正確なリガンドドッキングおよびスコアリング手法により、効率的なバーチャルスクリーニングが可能となります。

•   LBVS

潜在的な薬物ターゲットの3D構造が存在しない場合、LBVSは創薬およびリード最適化のための最も一般的なアプローチの一つです。生物学的データを活用して、既知の活性または不活性化合物を特定し、これらを用いて他の潜在的に活性な分子スキャフォールドを実験的に評価するために取得します。LBVSの方法には、類似性および部分構造検索、定量的構造活性相関（QSAR）、ファーマコフォアマッピング、機械学習などのアプローチが含まれます。

スクリーニングプロセス

•    ターゲット研究

•    モデル構築

•    小分子化合物ライブラリの準備

•    分子ドッキング/ファーマコフォアマッピング

•    スコアリング/ランク付け

•    化合物の選択

利点

•    リガンドベースおよび構造ベースのバーチャルスクリーニング

•    超高性能コンピューター

•    豊富なデータベースリソース、1600万以上の購入可能な化合物を含む

•    3Dファーマコフォアモデル構築

•    水および溶媒効果の考慮

Compound Databases

Cat. No. Name Size Description
HY-L001V MCE Bioactive Compound Library 32,925 21,201種の生物活性および構造的に多様な化合物のユニークなコレクション。生物活性と安全性は前臨床研究および臨床試験によって確認されています。一部はFDAに承認されています。
HY-L032V MCE Fragment Library 41,368 最新リリースのRo3フラグメントライブラリには、22,250以上の高品質分子が含まれています。フラグメントベースドラッグディスカバリー（FBDD）アプローチにとって有用なツールです。
HY-L0113V 1M Drug Fragment-Based Diversity Library 1,000,000 A diversity compound library contains 1,000,000 compounds with at least one drug fragment. Drug fragments are derived from 2946 FDA-approved drugs by BRICS and Recap algorithm. It is suitable for AI drug screening, virtual screening, discovery of lead compounds.
HY-L0120V Asinex BioDesign Library 170,269 Asinex use “BioDesign” approach to design this collection. “BioDesign” approach incorporates key structural features of known pharmacologically relevant natural products (e.g. alkaloids and other secondary metabolites) into synthetically feasible medicinal chemistry scaffolds.
HY-L0122V Asinex CNS Macrocycles Library 1,122 Asinex CNS Macrocycles library comprises 1,122 highly CNS-like molecules, with CNS-MPO > 4, CNS-MPO.v2 > 4, and CNS-TEMPO < 4.
HY-L0118V Asinex Covalent Inhibitors Library 942 A unique set of molecules containing mild electrophilic moieties that covalently interact with amino acid residues in the target protein.
HY-L0117V Asinex Macrocycles for Glycomimetics Library 1,412 Macrocyclic glycomimetics are an extremely interesting class of glycomimetics as they occupy space between small and macro molecules. Macrocyclic glycomimetics are mostly represented by naturally occurring molecules derived from marine microorganisms and bacterial or fungal metabolites.
HY-L0116V Asinex Macrocycles for RNA Library 1,065 The library consists of very diverse, drug-like molecules which incorporate certain known RNA-recognition elements distributed within macrocyclic rings or peripheral fragments.
HY-L0115V Asinex Macrocycles Library 10,091 Asinex has elaborated a library of diverse macrocycles using an effective tool box of synthetic methods. The resulting scaffolds are novel and tremendously diverse, medchem-relevant, macrocyclic frameworks.
HY-L0119V Asinex PPI Pre-Plated Library 3,253 The PPI Library comprises molecules of various sizes, frameworks, and shapes ranging from fragment-like entities to macrocyclic derivatives designed as secondary structure mimetics or as epitope mimetics.
HY-L0124V Chemspace CNS-Focused Library 13,082 Chemspace CNS library contains 13,082 diverse screening compounds that have the potential to pass through the central nervous system.
HY-L0091V Chemspace Lead-Like Compound Library 1,367,511 Chemspaceリードライク化合物ライブラリには、981,244種の在庫リードライク化合物が含まれており、良好な物理化学プロファイルと高い薬物類似性の定量的評価を持っています。
HY-L0093V Chemspace Scaffold derived set 10,119 10,119種の化合物から構成されており、その中には3,373種のスキャフォールドが含まれ、各スキャフォールドに3種の化合物が含まれます。
HY-L0094V Chinese National Compound Library 1,398,968 140万種の化合物を含み、多様な構造を持っています。
HY-L0101V FCH Group Screening Library 2,244,487 FCHグループスクリーニングライブラリには、約2,244,487種の生物学的スクリーニング用リードライク化合物が含まれています。
HY-L0105V InterBioScreen Synthetic Compounds Library 485,000 InterBioScreen合成化合物ライブラリには、約485,000種の即利用可能な化合物が含まれています。
HY-L932V Kinase Macrocyclic Compound Virtual Library 2,000,000 A kinase macrocycle library with chemical diversity, novelty and broader chemical space coverage generated by Macformer via deep learning.
HY-L0088V Life Chemicals 50K Diversity Library 50,240 Life Chemicals 50K多様性ライブラリには、50,240種の多様なスクリーニング化合物が含まれています。
HY-L0123V Life Chemicals CNS Focused Screening Library 30,300 Life Chemicals CNS Library contains 30,300 diverse screening compounds that have the potential to pass through the central nervous system.
HY-L0087V Life Chemicals HTS Compound Collection 503,810 Life Chemicals HTSライブラリは、ハイスループットスクリーニング（HTS）およびハイコンテントスクリーニング（HCS）を通じてリードを同定するための494,471種の多様なスクリーニング化合物を含むユニークなコレクションです。
HY-L0107V Life Chemicals Natural Product-like Compound Library 13,236 このライブラリには、13,236種の在庫天然物様化合物が含まれています。2Dフィンガープリント類似性フィルタリング、化学記述子ベース、天然類似性スコアリング選択により設計されています。
HY-L0121V MCE 10K Natural Product-like Compound Library 10,000 This Library consists of 10,000 natural product-like compounds. Each compound has scaffold of natural products or Tanimoto coefficient >0.6 with natural products. The natural-likeness scoring of these compounds is >-2. What’s more, compounds in the library are drug-like and readily available for re-supply, making it a powerful tool for new drug research and development.
HY-L0129V MCE Virtual Screening Compound Library1 2,000,000 A collection of over 2 million screening compounds suitable for virtual screening and AI-driven screening applications.
HY-L0130V MCE Virtual Screening Compound Library2 10,000,000 A collection of over 10 million screening compounds from 18+ manufacturers. The data has been cleaned, suitable for virtual screening and AI screening.
HY-L912V MegaUni 10M Virtual Diversity Library 10,000,000 A unique collection contains 10,000,000 synthetically accessible screening compounds for the novel lead identification. Easy to synthesize via standard 1-2 step procedures.
HY-L910V MegaUni 50K Virtual Diversity Library 50,000 合成可能で構造の多様性に富んだリードライク化合物の新しいコレクション。標準的な1～2段階の手順で容易に合成できます。
HY-L0095V OTAVAchemicals Screening Collection 270,000 OTAVAchemicalsスクリーニングコレクションには、約270,000種の再供給化合物が含まれており、迅速な配送が可能です。
HY-L0114V Pharmeks Screening Compound Library 439,804 This library contains about 439,804 natural and synthetic screening compounds.
HY-L0086V Specs HTS Compounds Library 200,382 Specs HTSライブラリは、ハイスループットスクリーニング（HTS）およびハイコンテントスクリーニング（HCS）を通じてリードを同定するための208,670種の多様なスクリーニング化合物を含むユニークなコレクションです。
HY-L0104V UORSY New Generation Screening Library 1,900,000 UORSY新世代スクリーニングライブラリには、約1,900,000種の化合物が含まれています。このライブラリは、卓越した構造品質と多様性を備えたリードライク分子の革新的なコレクションです。
HY-L0103V UORSY Screening Library 680,000 UORSYスクリーニングライブラリには、約680,000種の化合物が含まれています。このライブラリは、高度に多様な化学構造を提供する重合合成法を広範に開発しています。
HY-L0096V Vitas-M Screening Compounds Library 1,400,000 生物学的スクリーニングおよびリード最適化のための合成小分子有機化合物の在庫。それはあなたの基準に従って「チェリーピック」選択を行うための最良の情報源です。

MedChemExpress (MCE) のバーチャルスクリーニングサービスは、ヒット率を大幅に向上させ、化合物スクリーニングのコストを削減できます。ご質問がありましたら、[email protected]. までお気軽にお問い合わせください。

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